公司在员工工作时间心梗发作时应负责申请工伤认定。依据《工伤保险条例》，员工工伤可享赔偿。若不及时处理，可能导致员工权益受损，公司面临法律风险。
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公司应负责工伤处理。具体操作：1.立即送医救治，确保员工生命安全；2.收集证据，如医疗证明、工作记录等；3.向劳动部门申请工伤认定；4.根据认定结果，按《工伤保险条例》赔偿。
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公司常见处理方式是申请工伤认定并赔偿。选择时，需根据员工实际情况和工伤认定结果，合理确定赔偿方案，确保员工权益得到保障。