协议仅一方有原件通常无效，需双方共持。依据《民法典》，合同需双方签名、盖章或按指印方成立。若仅一方持有，可能导致合同无效，权益受损，无法律保障。
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协议一方有原件需处理。操作如下：1. 尝试与对方沟通，要求提供原件或复印件，并补签协议；2. 若沟通无果，咨询律师，了解合同无效的法律后果及维权方式；3. 必要时，向法院提起诉讼，请求确认合同效力或追究对方责任。
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协议一方有原件，处理方式有协商补签、寻求法律援助等。应根据具体情况选择，如对方愿意补签则首选协商；若对方拒绝，可考虑通过法律途径维护权益。