公司以劳动者怀孕为由克扣工资的处理是：劳动者可以通过以下方法维权：与公司协商；向调解组织申请调解；向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；其他。用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
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你好，建议起诉，要求其承担赔偿责任
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你好：可以起诉解决